La Chiesa di San Francesco a Marsala e l'omonimo convento risultano già nel 1334 nell’elenco delle fondazioni francescane. La chiesa assunse l’attuale assetto ai primi del XVIII secolo con la totale ristrutturazione ad opera del noto architetto trapanese Giovanni Biagio Amico.
La facciata è divisa in due ordini da una cornice marcapiano; il portale, imponente, ha il frontone spezzato sormontato da un’edicola  che custodisce la statua del Santo.
La chiesa ha un'unica navata con alta cupola e breve transetto ed è caratterizzata dalla forte presenza di bianchi stucchi architettonici decorativi con profili neri. Ricca di capolavori,è considerata seconda per pregio e bellezze solo alla chiesa Madre.
 Una statua della Madonna di Loreto posta nella prima cappella a sinistra è il capolavoro di Domenico Gagini del 1492.
Dello scultore trapanese fra’ Benedetto Valenza  un crocifisso ligneo del XVI.