La chiesa di Sant'Agostino fu inizialmente intitolata a San Giovanni Battista dai Templari, che la costruirono nel XII sec. Quando l'ordine dei Templari fu soppresso, Federico III d'Aragona la concesse ai padri Agostiniani. Questi la ristrutturarono, conferendole l'aspetto odierno, caratterizzato dalla facciata a capanna, dall'ampio rosone e dall'abside poligonale. Gli Agostiniani ne cambiarono la titolazione nel 1535; fu poi chiesa del Senato. Sul portale, situata dentro una nicchia, vi è una grande statua della Madonna con Bambino. Nel XIX sec. la chiesa fu chiusa al culto e il suo aspetto mutò notevolmente, mentre il convento venne abbattuto. L'abside e parte della navata furono distrutti dai bombardamenti del 1943 ed in seguito ricostruiti. Oggi la chiesa ospita il Polo Espositivo del Museo Diocesano di Trapani.